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ChIP-Seq

技術(shù)簡介

染色質(zhì)免疫共沉淀測序 (Chromatin immunoprecipitation sequencing,ChIP-Seq) ,是在全基因組范圍內(nèi)尋找與目的蛋白特異結(jié)合的DNA位點、組蛋白修飾位點和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點等,為全面解析基因調(diào)控、蛋白質(zhì)與DNA互作提供了有效的技術(shù)手段。

技術(shù)路線

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送樣建議

濃度 (Qubit)體積總量基因組完整性
≥5 ng/μL≥4 μL≥20 ng100~500bp,主帶明顯

技術(shù)參數(shù)

測序策略

數(shù)據(jù)量

周期

ChIP-Seq

HiSeq/NovaSeq, PE150

HiSeq2500, SE50

3~6G data

10~20M data

60個自然日


案例分析

GATA蛋白家族在細胞重編程過程中的作用機制研究


研究背景            

譜系分化轉(zhuǎn)錄因子 (GATA家族) 可以代替多能因子 (Oct4) 來完成細胞重編程過程,但其具體作用機制仍不清楚。

研究目的

研究人員通過對小鼠細胞進行RNA-Seq和 ChIP-Seq  研究和組合分析,揭示GATA家族在動物細胞重編程過程中的關(guān)鍵作用。

研究結(jié)果

所有的6類GATA轉(zhuǎn)錄因子(GATA1~6),是C端(羧基端)具有保守的DNA結(jié)合域的鋅指蛋白,在細胞重編程過程中均可以直接結(jié)合并激活 Sall4 基因的多能性。進一步證實了GATA 家族在細胞重編程過程中的重要作用機制。

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Sall4 在GATA 家族誘導細胞重編程過程中起重要橋梁作用

參考文獻

[1]. Shu, J.  et al. GATA family members as inducers for cellular reprogramming to pluripotency. Cell Res, 2015, 25:169-180, doi:10.1038/cr.2015.6.

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