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多重PCR_SNP檢測

技術(shù)簡介

多重PCR_SNP檢測是一種將多重PCR和高通量測序相結(jié)合的高效SNP檢測技術(shù)。通過對多個(gè)待檢位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性引物,利用多重 PCR 技術(shù)進(jìn)行擴(kuò)增,即可一次性擴(kuò)增出所有待檢位點(diǎn)序列,繼而結(jié)合高通量測序技術(shù)實(shí)現(xiàn)對大樣本多位點(diǎn) SNP 的檢測。

檢測原理

送樣建議

濃度 (Qubit)

體積

總量

DNA 片段

≥40 ng/μL

≥20 μL

≥0.8 μg

DNA 無降解

注:SNP位點(diǎn)數(shù)>50個(gè),每增加50個(gè)位點(diǎn),體積增加10uL

技術(shù)參數(shù)

多重PCR_SNP檢測

30<SNP位點(diǎn)<200

測序策略

數(shù)據(jù)量

周期

檢出率

HiSeq/NovaSeq PE150

1000X

65個(gè)自然日

95%

技術(shù)優(yōu)勢

1)適用性廣:該技術(shù)適用于所有有參物種的 SNP 檢測。

2)靈敏度高:應(yīng)用高通量的方法可完成對SNP位點(diǎn)及其周圍序列的測定。

3)通量高:將多重 PCR 與高通量測序相結(jié)合,運(yùn)用 Illumina 測序平臺(tái),一次可以完成3000個(gè)樣本200個(gè)SNP位點(diǎn)的檢測。

4)成本低:對于大樣本、多位點(diǎn)SNP的檢測,多重PCR_SNP基因分型檢測的成本要遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于 Sanger檢測。

5)準(zhǔn)確率高:HiSeq平臺(tái)進(jìn)行高通量深度測序,測序深度可達(dá)上萬 X,檢出率達(dá) 95%以上,檢測準(zhǔn)確率可達(dá)到 98%以上。

案例分析

基于多重PCR擴(kuò)增子目標(biāo)測序進(jìn)行SNP基因分型[1]

研究背景

新一代測序(NGS)技術(shù)使基因組重新測序能夠在個(gè)體間探索全基因組多態(tài)性,以及靶向重新測序,以快速和同時(shí)檢測與各種生物功能相關(guān)的基因中的多態(tài)性。因此,用于靶向重測序的簡單且穩(wěn)健的方法應(yīng)促進(jìn)廣泛的生物學(xué)領(lǐng)域中的基因分型。

研究方法

檢測來自8個(gè)親本種質(zhì)的443個(gè)擴(kuò)增子以及Bd21Bd3-1雜交得到的F 1子代的SNP進(jìn)行基因分型。

研究結(jié)果

結(jié)果表明通過對模型草Brachypodium distachyon進(jìn)行基因分型,SNP的檢測率能達(dá)到95%。評估表明該方法為準(zhǔn)確和穩(wěn)健的SNP基因分型提供了有效的框架。

1 B. distachyon8個(gè)自然種質(zhì)中各個(gè)染色體上的SNPs的鑒定和選擇概況


參考文獻(xiàn)

Onda Y, Takahagi K, Shimizu M, et al. Multiplex PCR Targeted Amplicon Sequencing (MTA-Seq): Simple, Flexible, and Versatile SNP Genotyping by Highly Multiplexed PCR Amplicon Sequencing[J]. Front Plant Sci. 2018, 9(201):1-10.

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