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LDR_SNP檢測

技術(shù)簡介

LDR_SNP分型是一種將 PCR  LDRLigase Detection Reaction,連接酶檢測反應(yīng))相結(jié)合的檢測技術(shù)。

檢測原理

送樣建議

濃度 (Qubit)

體積

總量

DNA 片段

≥40 ng/μL

≥20 μL

≥0.4 μg

DNA 無降解

注:SNP位點(diǎn)數(shù)>50個,每增加50個位點(diǎn),體積增加10uL。

 

技術(shù)參數(shù)

LDR_SNP檢測

SNP位點(diǎn)<10

測序策略

反應(yīng)重?cái)?shù)

周期

檢出率

3730xl

10X

55個自然日

95%

 

技術(shù)優(yōu)勢

1)周期短:小試之后,檢測周期15個自然日;總檢測周期55個自然日。

2)實(shí)驗(yàn)靈活:適合10個以內(nèi)位點(diǎn)的檢測,多重PCR重?cái)?shù)可達(dá)到10重;

3)成本低:樣本量越大,折合到單個數(shù)據(jù)點(diǎn)的成本越低。

4)精準(zhǔn)度高:熒光探針標(biāo)記,傳統(tǒng)的3730xl平臺;檢出率可達(dá)95%以上。

案例分析

基于PCR_LDR檢測CYP2C19多態(tài)性[1]

研究目的

細(xì)胞色素P450 2C19CYP2C19)基因型與藥物代謝差異有關(guān)。本研究的目的是基于聚合酶鏈反應(yīng)/連接酶檢測反應(yīng)(PCR-LDR)建立CYP2C19基因分型的可靠測定。

 材料方法

設(shè)計(jì)特異性引物和探針以檢測CYP2C19 * 1,* 2,* 3* 17。制備每個等位基因的對照并用于性能評估,研究采用PCR-LDRSanger測序方法對200個臨床樣品進(jìn)行檢測分析。

研究結(jié)果

PCR-LDR檢測的檢出限為2 ng /μL基因組DNA。血液中常見的干擾物質(zhì)不會影響檢測結(jié)果。對于臨床樣品,PCR-LDRSanger測序的結(jié)果是相同的。該PCR-LDR檢測方法可用于臨床環(huán)境中CYP2C19基因型的檢測。在氯吡格雷和質(zhì)子泵抑制劑治療之前,它將是篩查患者CYP2C19功能喪失等位基因的有用工具。

1 PCR-LDRCYP2C19基因分型的典型結(jié)果

參考文獻(xiàn)

Zhang J, Zhang H, Li K, et al. Development of a Polymerase Chain Reaction/Ligase Detection Reaction Assay for Detection of CYP2C19 Polymorphisms[J]. Genet Test Mol Biomarkers. 2018, 22(1):62-73.

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