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技術(shù)服務(wù)

 

目標(biāo)區(qū)域捕獲

技術(shù)簡(jiǎn)介

Target-seq是指通過(guò)多重PCR方法對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行富集,結(jié)合高通量測(cè)序和生物信息方法對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行序列測(cè)定和分析的一種技術(shù)。

檢測(cè)原理

送樣要求

濃度 (Qubit)

體積

總量

DNA 片段

≥40 ng/μL

≥20 μL

≥0.8 μg

DNA 無(wú)降解

注:區(qū)域>10K,每增加10K,體積增加10uL。

技術(shù)參數(shù)

目標(biāo)區(qū)域測(cè)序

(≤200K

測(cè)序策略

數(shù)據(jù)量

周期

檢出率

HiSeq/NovaSeq PE150

1000X

65個(gè)自然日

95%

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

1)信息量大:可以完整覆蓋整個(gè)基因組序列,獲得高頻SNP的分型數(shù)據(jù),以及發(fā)現(xiàn)個(gè)體特有的變異。

2)針對(duì)性強(qiáng):可針對(duì)幾Kb-200 Kb的基因連續(xù)區(qū)間,外顯子靶標(biāo)以及客戶(hù)指定位點(diǎn)進(jìn)行一次性捕獲。

3)成本較低:對(duì)數(shù)百個(gè)樣品進(jìn)行混樣建庫(kù),大大降低了研究成本。

4)效率極高:比起使用Sanger法的候選基因測(cè)序方法,基于二代測(cè)序技術(shù)的目標(biāo)區(qū)域測(cè)序更加快速、精確、高效。

5)適用范圍廣:Target-seq可針對(duì)有參物種DNA樣本進(jìn)行檢測(cè),有效替代芯片檢測(cè)。

案例分析

基于目標(biāo)區(qū)域驗(yàn)證檢測(cè)HLA-DRB1多態(tài)性與皮膚肌炎的遺傳聯(lián)系[1]

研究背景

人白細(xì)胞抗原(HLA)的遺傳變異在皮膚肌炎(DM)發(fā)病機(jī)制中起著重要作用,本研究的目的是調(diào)查中國(guó)HLA II類(lèi)DM患者與DM的關(guān)系。

研究方法

在中日友好醫(yī)院隨機(jī)抽取224例糖尿病患者和300例健康對(duì)照者。采用測(cè)序技術(shù)對(duì)HLA-DRB1等位基因進(jìn)行高分辨率分型,采用PCR序列特異性引物(SSP)測(cè)定HLA-DQA1HLA-DQB1等位基因。

研究結(jié)果

研究結(jié)果表明,HLA-DRB1*09:01HLA-DRB1*12:01等位基因可能導(dǎo)致中國(guó)漢族人群成人DM的易感性。此外,具有抗黑色素瘤鑒別相關(guān)基因5 (anti-MDA5)DM患者HLA-DRB1*12:01的頻率明顯高于不具有anti-MDA5的患者。,因此推斷HLA-DRB1*12:01基因型與DM患者anti-MDA5抗體存在顯著相關(guān)。

參考文獻(xiàn)

Jinming Lin, Yongbiao Zhang, Qinglin Peng, et al. Genetic Association of HLA-DRB1 Multiple Polymorphisms with Dermatomyositis in Chinese Population[J]. HLA. 2017, 90(6):354-359

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