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宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
技術(shù)簡(jiǎn)介
宏轉(zhuǎn)錄組 (Metatranscriptomics) 是指從整體水平上研究某一特定環(huán)境，特定時(shí)期群體生命全部基因組轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，它以生態(tài)環(huán)境中的全部 RNA 為研究對(duì)象，避開(kāi)了微生物分離培養(yǎng)困難的問(wèn)題，能有效的擴(kuò)展微生物資源的利用空間。相較于宏基因組，宏轉(zhuǎn)錄組能從轉(zhuǎn)錄水平研究復(fù)雜微生物群落變化，能更好的挖掘潛在的新基因。
技術(shù)路線
送樣建議
| 濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | 完整性 |
| ≥100ng/μL | ≥50μL | ≥5μg | RNA無(wú)降解, 無(wú)基因組污染，無(wú)蛋白和雜質(zhì)污染,OD260/280≥1.8，23S/16S≥1,RIN≥6 |
技術(shù)參數(shù)
| 宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 | 測(cè)序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 |
HiSeq/NovaSeq PE150 | 5~10Gb data | 60個(gè)自然日 |
案例分析
宏轉(zhuǎn)錄組揭示浮游植物與海洋細(xì)菌之間的相互作用[1]
研究背景
遍布世界海洋、結(jié)構(gòu)復(fù)雜的單細(xì)胞藻類(lèi)——硅藻會(huì)在一種細(xì)菌存在時(shí)以更快的速度生長(zhǎng)，這一細(xì)菌能夠釋放一種已知的可以加速陸地植物生長(zhǎng)的激素。
研究目的
通過(guò)宏轉(zhuǎn)錄組和代謝組學(xué)探索這一現(xiàn)象發(fā)生機(jī)制。
研究結(jié)果
研究證實(shí)這些細(xì)菌與硅藻發(fā)生物質(zhì)交換，轉(zhuǎn)而生成了一種由生活在陸地植物根部周?chē)奈⑸锷傻募に?，進(jìn)而促使硅藻生長(zhǎng)加速。
圖1.多菌體的進(jìn)化系統(tǒng)
參考文獻(xiàn)
[1]. Amin, S. A. et al.. Interaction and signalling between a cosmopolitan phytoplankton and associated bacteria. Nature 522, 98-101, doi:10.1038/nature14488 (2015).
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