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LncRNA 測序

技術(shù)簡介

長鏈非編碼RNA (long non-coding RNA) 是一類長度大于 200nt,且不編碼蛋白質(zhì)的 RNA,廣泛存在于生物體內(nèi)。Lnc-RNA 測序采用去除 rRNA 的建庫方法,并依托高通量測序技術(shù),一次性獲得單堿基分辨率的特定組織或細胞在特定階段的所有 mRNA 和lncRNA,研究 lncRNA 在轉(zhuǎn)錄以及轉(zhuǎn)錄后等方面對基因表達的調(diào)控作用。

技術(shù)路線

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送樣建議

濃度   (Qubit)

體積

總量

完整性及純度

40   ng/μL

≥50μL

≥2 μg

RIN≥6.5,28S/18S≥1.0;基線平整,5S峰正常;無DNA,蛋白,鹽離子等污染

技術(shù)參數(shù)

測序策略

數(shù)據(jù)量

周期

LncRNA測序

HiSeq/NovaSeq, PE150

12G clean data

60個自然日

案例分析

Lnc RNA 表達譜揭示腸道組織微生物群的分子特征[1]

研究背景            

腸道微生物群可以影響宿主的生理、代謝、營養(yǎng)和免疫力而被稱為隱藏的器官。腸道微生物群的形成主要由于環(huán)境和基因效應(yīng)的作用,以前的研究焦點在于編碼蛋白的基因,而長鏈非編碼與腸道微生物群之間的聯(lián)系很少有報道。

研究目的

通過外顯子芯片技術(shù)和 Lnc RNA 表達譜技術(shù)探索腸道微生物群形成過程中 Lnc RNA 表達之間的關(guān)系。

研究結(jié)果

成功鑒定出傳統(tǒng)小鼠和無菌小鼠之間 Lnc RNA 表達差異,研究證明在腸道中的不同的微生物群其 Lnc RNA 表達譜不一樣。

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圖1.共生的微生物群,大腸桿菌(大腸桿菌),或大腸桿菌表達膽汁鹽水解酶(E.coli-BSH)調(diào)節(jié)的 lncRNAs圖譜以及傳統(tǒng)和無菌小鼠之間LncRNA差異表達

參考文獻

[1]. Liang, L. et al. Long noncoding RNA expression profiles in gut tissues constitute molecular signatures that reflect the types of microbes. Sci Rep, 2015, 5:11763, doi:10.1038/srep11763.

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