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真核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
技術(shù)簡(jiǎn)介
轉(zhuǎn)錄組即特定組織或細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所有轉(zhuǎn)錄本的總和，包括 mRNA 和非編碼 RNA（即Non-coding RNA，如 tRNA，rRNAs，microRNAs，piRNAs 和 long ncRNAs 等）。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 (Transcriptome sequencing) 主要指通過高通量測(cè)序研究特定組織或細(xì)胞在某個(gè)時(shí)期轉(zhuǎn)錄出來的 mRNA，可以用來研究基因結(jié)構(gòu)和基因定量分析，并預(yù)測(cè)新轉(zhuǎn)錄本，是深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大手段和工具。目前，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于動(dòng)植物發(fā)育階段的研究、優(yōu)良品種基因的篩選和疾病治療等。
技術(shù)路線
送樣建議
物種 | 濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | 完整性及純度 |
真菌 total RNA | ≥20 ng/μL | 15 μL-100 μL | ≥2 μg | RIN≥6.5，28S/18S≥1.0; 圖譜基線無上抬，5S 峰正常 |
其他動(dòng)、植物 total RNA | ≥20 ng/μL | 15 μL-100 μL | ≥2 μg | RIN≥6.5， 28S/18S≥1.0; 圖譜基線無上抬，5S 峰正常 |
技術(shù)參數(shù)
測(cè)序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 | |
有參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 | HiSeq/NovaSeq PE150 | 6G clean data | 45 個(gè)自然日 |
無參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 | HiSeq/NovaSeq PE150 | 6G clean data | 50 個(gè)自然日 |
案例分析
研究背景
可變剪切在植物的生長(zhǎng)發(fā)育和應(yīng)激反應(yīng)中起著重要作用，對(duì)應(yīng)的研究也很多，但關(guān)于生長(zhǎng)發(fā)育和應(yīng)激反應(yīng)兩者之間的相互作用還不是很透徹。
研究目的
通過轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析玉米的正常組和干旱組的種子、胚芽和胚乳等組織的可變剪切以及基因表達(dá)變化，探究植物生長(zhǎng)發(fā)育和應(yīng)激反應(yīng)之間的相互作用。
研究結(jié)果
在已知基因中新發(fā)現(xiàn) 48000 個(gè)剪切形式，其中跟發(fā)育相關(guān)的可變剪切形式受到干旱脅迫的影響，且大部分發(fā)生在葉子和雌穗，而雄穗不受影響。在研究可變剪切相關(guān)基因的表達(dá)變化與對(duì)應(yīng)基因的剪切事件相關(guān)性中，僅在正常組的各個(gè)發(fā)育階段的剪切因子的基因表達(dá)與剪切時(shí)間呈線性關(guān)系，但在干旱組中，此相關(guān)性比較差。這些新的發(fā)現(xiàn)再次表明了可變剪切在玉米受干旱脅迫和生長(zhǎng)發(fā)育中的重要作用。
圖1. 可變剪切相關(guān)基因表達(dá)與可變剪切事件變化
A圖：各個(gè)組織中可變剪切相關(guān)基因的表達(dá)相關(guān)性。
B圖：各個(gè)組織中可變剪切模式相關(guān)性
參考文獻(xiàn)
[1]. Thatcher SR, et al. Genome-Wide Analysis of Alternative Splicing during Development and Drought Stress in Maize. Plant Physiol,(2015).
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